Hola Ricardo,
Antes de meterte en el desarrollo de tu aplicación, deberías empaparte un poco de la teoría de separación de capas y valorar tú mismo la respuesta. A priori, la separación en capas es una buena práctica, independiente del tipo de dispositivo de software que vayas a desarrollar (móvil, de escritorio, web...), y de la finalidad de tu software (ERP, gestor de contenido...). La decisión que te quede tomar, más que si utilizar capas o no, es el número de capas, que dependerá también de tu solución.
Te dejo algún link que puede que te sea de ayuda en tu camino.
http://www.miguelmatas.es/blog/2007/11/01/buscando-una-arquitectura-preparada-para-hacerse-mayor/
http://www.miguelmatas.es/blog/2008/04/08/uso-de-capas-nuevo-ejemplo/
Saludos.
Miguel.